Urodził się w Rostkowie koło Przasnysza 28 października 1550 r. Mając czternaście lat udał się wraz z bratem Pawłem i nauczycielem Janem Bilińskim do Wiednia. Tam rozpoczął naukę w cesarskim gimnazjum, prowadzonym przez jezuitów. Pełnił funkcję prezesa studenckiego bractwa św. Barbary. Prawdopodobnie w tym czasie został cudownie uzdrowiony za przyczyną Matki Bożej, której był czcicielem. Prowadził życie przepełnione modlitwą, umartwieniami, kontemplacją i doznaniami mistycznymi. Poznawszy bliżej życie jezuitów zapragnął wstąpić do nich. Spotkało się to ze sprzeciwem rodziców, którzy planowali dla niego świecką karierę. Wiedeńscy jezuici odmówili mu przyjęcia. W sierpniu 1567 r. Stanisław Kostka w tajemnicy uciekł z Wiednia do Augsburga, gdzie również nie został przyjęty, ale św. Piotr Kanizjusz wysłał go na roczną naukę do Dollingen w Bawarii. Stamtąd udał się do Rzymu, gdzie 28 października 1567 r. został przyjęty do jezuickiego nowicjatu przez generała zakonu jezuitów św. Franciszka Borgiasza. Zaledwie kilka miesięcy Stanisław przebywał w jezuickim nowicjacie. Zmarł w nocy z 14/15 sierpnia 1568 r. w Rzymie. Pochowany został w kościele pw. Św. Andrzeja na Kwirynale. Beatyfikował go papież Paweł V w 1605 r., a kanonizował Benedykt XIII dnia 31 grudnia 1726 r. Warto dodać, że dekret kanonizacyjny przygotowany był już w 1714 r.
Św. Stanisław Kostka w ikonografii przedstawiany jest jako młodzieniec lub jezuita we włoskim habicie zakonnym, z lilią, krucyfiksem, różańcem, obrazem Maryi, Dzieciątkiem Jezus, kosturem pielgrzymim, ze znakiem IHS. Przede wszystkim jest patronem młodzieży polskiej, ale szczególnie służby liturgicznej. Patronuje również nowicjuszom w zakonie jezuitów. Jego wspomnienie przypada 18 września.